Các mô hình
Homology cũng có thể được sử dụng để xác định sự khác biệt nhỏ giữa các protein liên quan mà chưa được giải quyết tất cả về mặt cấu trúc . Ví dụ, phương pháp này được sử dụng để xác định các vị trí liên kết cation trên Na+/ K+ATPase và đề xuất giả thuyết về ái lực liên kết của các ATPase khác nhau.
Mô hình tương đồng được sử dụng để làm gì?
Mô hình đồng nhất là một trong những phương pháp dự đoán cấu trúc tính toán đượcsử dụng để xác định cấu trúc 3D của protein từ trình tự axit amincủa nó. Nó được coi là chính xác nhất trong các phương pháp dự đoán cấu trúc tính toán. Nó bao gồm nhiều bước đơn giản và dễ áp dụng.
Mô hình tương đồng là gì và tại sao nó lại cần thiết?
Mô hình tương đồng thu đượccấu trúc ba chiều của protein đích dựa trên sự giống nhau giữa chuỗi mẫu và trình tự đíchvà kỹ thuật này chứng tỏ là hiệu quả khi nghiên cứu các protein màng mà khó kết tinh như GPCR vì nó cung cấp mức độ hiểu biết cao hơn về…
Bạn làm mô hình tương đồng như thế nào?
có một số bước liên quan đến mô hình tương đồng
- lựa chọn mẫu bằng cách sử dụng trình tự mục tiêu của bạn. Vì mục đích này, bạn có thể thực hiện tìm kiếm BLASTp dựa trên tất cả các cấu trúc protein có sẵn (PDB). …
- Căn chỉnh mẫu và trình tự mục tiêu. …
- Chất lượng mô hình của bạn. …
- Sàng lọcmô hình của bạn cho phù hợp.
Điều gì tạo nên một Mô hình tương đồng tốt?
Nếu chúng ta xác định "mô hình tương đồng thành công cao" là mô hình có <=2 Å rmsd từ cấu trúc thực nghiệm, thìmẫu phải có >=60% đồng nhất trình tự với mục tiêu để thành công tỷ lệ >70%. Ngay cả ở mức nhận dạng trình tự cao (60% -95%), vẫn có một trong mười mô hình tương đồng có rmsd >5 Å so với
